非接触式超声碎破仪与传统的探头超声波破碎仪，探头与样品直接接触，一次只能处理一个样品，实验周期长；对于多个样品，需要重复使用同一探头，容易造成样品交叉污染。由于每次探头插入样品的深度不用，每次超声的能量分布也不尽相同，影响实验结果的重复性和准确性。此外，由于不能采用封闭系统，在超声过程中产生的气雾或者泡沫会扩散到环境中，造成潜在的生物危险。